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为最大限度减少交叉感染，3月13日，国家卫生健康委办公厅发布了《关于进一步加强疫情期间医疗机构感染防控工作的通知》及解读，其中要求医疗机构要严格开展全员岗前感染防控培训工作，未经培训合格不得上岗。同时要主动对急诊患者、血液透析、肿瘤放疗化疗患者等重点人群进行感染监测。
通知要求各级卫生健康行政部门高度重视疫情期间医疗机构感染防控工作，加强对辖区内医疗机构感染防控工作的现场指导，及时发现问题、纠正错误，既避免防控不足，也避免防控过度。对存在问题较多的医疗机构，要建立整改台账，实行限时销号管理。
医疗机构要严格落实标准预防，进入医疗机构的各类人员均应当正确选择和佩戴口罩、正确进行手卫生。医疗机构做好环境通风管理，落实分区管理要求，合理划分清洁区、潜在污染区和污染区，区别医务人员通道和患者通道。
医务人员防护按照《新冠肺炎疫情期间医务人员防护技术指南（试行）》执行，正确合理使用防护用品。在标准预防的基础上，根据诊疗操作的风险高低进行额外防护。可能接触到患者血液、体液、分泌物或实施产生气溶胶操作时，选择佩戴护目镜/防护面屏、隔离衣、医用防护口罩等防护用品。
根据通知，医疗机构要做好患者的分流和风险管控。通过互联网在线咨询，重点询问是否存在发热、咳嗽等呼吸道疾病症状体征，以及流行病学史，初步判断就诊科室，为患者提供分时段预约诊疗，减少现场挂号就诊。在门急诊规范设置预检分诊点，对患者进行体温筛查，对发热患者转移到发热门诊就诊。发热门诊医生对患者进一步询问疫情高风险国家或地区旅行或居住史，检查新冠肺炎相关症状体征，对可疑新冠病毒感染者进行影像学和实验室检测，做到早发现、早报告、早隔离、早治疗。医疗机构的急诊可设立缓冲区域，对需要急诊急救治疗且不能排除新冠肺炎的患者进行隔离收治。
同时，医疗机构要根据本区域的风险等级，严格执行本地人民政府关于“四类人员”（确诊病例、疑似病例、发热症状患者、密切接触者）相关管理要求，制定本机构疫情期间患者入院筛查流程。对有流行病学史、存在新冠肺炎感染风险的入院患者，可通过影像学、病原学和血清学检测方法作进一步鉴别诊断。鼓励中、高风险地区有条件的医疗机构设置过渡病房，对新收入院的患者进行单间收治，待排除新冠病毒感染后再转至常规病房进一步住院治疗，降低潜在院内交叉感染风险。患者住院期间要加强陪护人员、探视人员的管理，根据本地区的疫情流行情况制定陪护、探视的管理制度。
医疗机构还要开展感染防控的主动监测，切实做好急诊患者、血液透析、肿瘤放疗化疗患者等重点人群的感染监测工作，对手术治疗、内镜操作等侵入性操作环节实现监测全覆盖。通过主动监测，及时发现散发感染病例、聚集性感染病例和疑似新冠肺炎患者的情况，采取相应防控和调查措施。医疗机构要建立健康状况强制报告制度，要求全体医务人员、其他工作人员（包括保洁、配送、保安、护工等）、患者和陪护人员每天或定期报告个人健康状况，及时发现发热及有呼吸道症状的人员并采取相应措施。
同时，对于孕产妇、急诊手术患者、急性心脑血管疾病患者、血液透析患者、恶性肿瘤患者等人群，各级各类医疗机构要重点保障其医疗需求，因地制宜制定针对性的诊疗流程和应急预案。对于急诊患者且不能排除新型冠状病毒感染时，可按照疑似患者收治和防护，保证患者和医务人员安全。对于门诊慢性病患者，除视病情延长处方用量外，鼓励互联网医院开展线上复诊，鼓励医疗机构开展线上咨询和就医指导，并做好药品的供应保障。
国家卫健委表示，各级卫生健康行政部门要将感染防控工作作为考核医疗机构的标准之一，加强日常监督管理。医疗机构要加强感控专兼职人员的配备，加大感控经费投入，落实各级感控管理组织的责任。严格开展全员岗前感染防控培训工作，未经培训合格不得上岗。